S. Clemente è uno dei meglio conservati "palinsesti" della città di Roma: vi si incontrano, sovrapposti, almeno tre livelli e tre epoche diversi.
Il piano attuale è costituito dalla basilica superiore, il cui impianto risale al XII secolo (anche se presenta diversi rimaneggiamenti successivi, soprattutto settecenteschi), come anche il bellissimo  mosaico absidale con la Croce da cui si dipartono girali d'acanto, ricco di elementi simbolici.
 Al piano sottostante si trova la Basilica inferiore, costruita nel IV secolo, in cui sono ospitati interessanti affreschi risalenti per buona parte al IX secolo. La Basilica inferiore, colpita da un incendio durante l'invasione normanna nel 1084, fu interrata per sostenere la nuova basilica. Ancora più in profondità si incontrano costruzioni romane di età imperiale ed un ambiente a volta ribassata destinato al culto di Mitra.