Nato a Roma nel 1576 da Francesco Caffarelli e Ortensia Borghese, sorella di Camillo futuro papa Paolo V, studia filosofia al Collegio Romano e poi diritto a Perugia, grazie ai sussidi dello zio, giacché il padre versa in precarie condizioni finanziarie.
Nel luglio 1605, dopo due soli mesi dall’elezione al soglio pontificio, Paolo V lo crea cardinale, facendogli assumere il cognome e l’arma dei Borghese.
Destinato a ricoprire le funzioni di Cardinal Nepote, ormai divenute tradizionali da Sisto V in poi, Scipione diviene prima membro della Consulta e poi Segretario ai Brevi, assumendo un ruolo di grande prestigio nel governo dello Stato Pontificio.
Non gode dell’assegnazione di un feudo ritagliato dagli Stati della Chiesa, come è usuale per i Cardinali Nepoti, ma viene ammesso assai presto ai benefici e alla rendite di cospicui e ben remunerati uffici amministrativi: nel 1609 le sue entrate annuali ammontano a circa 80.000 scudi e nel 1612 salgono a 150.000 scudi.
Grazie al potere acquisito riusce a concentrare nelle proprie mani il possesso di numerosi palazzi, ville nei dintorni di Roma, casali nella campagna romana, vaste proprietà fondiarie, pagandoli talvolta anche più del loro valore, ma riuscendo perfettamente nell’intento di ottenere la supremazia sulle altre famiglie aristocratiche, in particolare sui Colonna e gli Orsini.
Al cugino Marcantonio vengono invece riservate alte cariche civili e beni sparsi in tutto lo Stato Pontificio, realizzando così il sogno della famiglia di raggiungere un ruolo egemonico sia all’interno della Curia papale sia nella amministrazione civile.
Durante i 16 anni del pontificato di Paolo V i suoi nipoti ricevono più di un milione di scudi in rendite, stipendi, doni in denaro e uffici, senza contare gli innumerevoli privilegi ed esenzioni loro riservate.
Grazie all’accortezza testamentaria di Paolo V la famiglia riesce a mantenere autorevolezza e influenza anche dopo la morte del papa, durante i pontificati di Gregorio XV Ludovisi e Urbano VIII Barberini, che pure sono segnati da profondi rimpasti nella Curia pontificia.
I Borghese hanno raggiunto il rango di famiglia di gran lunga più ricca e potente mai esistita a Roma, e Scipione ha saputo assicurarsi all’interno della Curia e tra i cardinali un solido e nutrito partito di seguaci.
Appassionato della musica e delle arti, Scipione seppe approfittare della propria posizione di nipote del Papa per acquisire un gran numero di preziosissime opere d’arte, rivelando un fiuto particolare nel riconoscere il valore di artisti suoi contemporanei, come Caravaggio e Bernini; collezionò una eccezionale quantità di opere dell’antichità, approfittando dei numerosi ritrovamenti archeologici che avvenivano durante i lavori di costruzione e abbellimento della città promossi dal Papa; collezionò arazzi, strumenti scientifici e si circondò di oggetti curiosi con cui amava stupire i suoi ospiti.
Come scrigno per custodire le sue ricche collezioni fece edificare la palazzina nella Villa presso Porta Pinciana, a partire dal 1613, villa oggi conosciuta come Galleria Borghese.
La forza di Scipione si appannò sotto il pontificato Barberini e nel 1629 Scipione preferì optare per il vescovato suburbicario della Sabina, ritraendosi dalla vita pubblica attiva e dedicandosi maggiormente all’attività di generoso mecenate e collezionista che già l’aveva visto protagonista nei primi anni del pontificato di Paolo V.
Morì a Roma nel 1633 e fu sepolto nella cappella Borghese in Santa Maria Maggiore.